基于个体样本的群体遗传分析,其本质是利用重测序方式获得某物种各个亚种(或品系)群体中每个个体样本的 SNP 变异信息,通过 SNP 可以分析各个亚种(品系)间的遗传进化关系。个体样本策略能获得更精确的个体遗传信息,因此不但可以通过选择压力分析研究群体的适应性机制,同时,还可以通过深入的群体关系分析,更全面地了解群体的进化历史,丰富群体的适应性研究。

 

 

应用领域

(1)物种在不同生存条件下的自然选择机制研究;
(2)野生种、驯化种以及改良种的人工选择机制研究;
(3)种群历史与进化研究

 

 

技术路线

 

 

分析内容

 

 

样品要求

1. 全基因组重测序:样品浓度≥30ng/uL;总量≥6 μg ;OD260/280 = 1.8~2.0。
2. 简化基因组测序:样品浓度:≥25 ng/μl,总量≥2 μg ;OD260/280 = 1.8~2.0
3. 推荐样本数:建议每个群体大于10个样本,若样本数达到30;对群体多样性的各项指标计算会更加准确

 

 

项目周期

一般在55个工作日,具体完成时间视项目具体规模(样本数和表型种类数)而定

 

 

参考文献

[1] Ahrens C W, Byrne M, Rymer P D, et al. Standing genomic variation within coding and regulatory regions contributes to the adaptive capacity to climate in a foundation tree species[J]. Molecular Ecology, 2019, 28(10): 2502-2516.
[2] Fustier M, Martinezainsworth N E, Aguirreliguori J A, et al. Common gardens in teosintes reveal the establishment of a syndrome of adaptation to altitude.[J]. PLOS Genetics, 2019, 15(12).
[3] Wang J, Hu Z, Upadhyaya H D, et al. Genomic signatures of seed mass adaptation to global precipitation gradients in sorghum[J]. Heredity, 2020, 124(1): 108-121.

 

 

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